Créée en 1878, la Faculté de théologie protestante de Paris jouit d’un grand prestige intellectuel, notamment par ses liens avec la Sorbonne et l’École pratique des hautes études. Gabrielle Cadier-Rey constate dans son travail de recherche que conserver ce prestige et faire face aux difficultés financières vont être ses deux principaux soucis, après la Séparation. Elle montre, d’une part, que les divisions entre évangéliques et libéraux se traduisent au niveau des Facultés, les évangéliques gardant celle de Montauban, et que, d’autre part, une ultime conséquence va être, pendant quelques années, une chute importante du nombre d’étudiants, traduisant ce que Wilfred Monod appelait « la fin des pasteurs fonctionnaires ».